D. Sebastião procedeu a uma reforma do exército português, tendo criado um novo modelo de organização militar local. Em 1570, publicava o “Regimento dos Capitães-Mores,” pelo qual deveria existir em cada terra um capitão-mor, responsável pelas companhias de ordenanças aí existentes e que se manteria até final da monarquia absoluta. As Ordenanças, com tropas de 3ª linha, actuavam na sua área territorial como auxiliares do Exército Regular (as de 1ª linha) e das Milícias (as de 2ª linha). A base de constituição das companhias era a terra (vila, concelho, honra, etc.), circunscrição básica da organização territorial de Portugal do antigo regime. Ao capitão-mor, escolhido ("eleito", usando a terminologia da época) pelas jurisdições locais, competia-lhe o recrutamento das tropas e dirigir a preparação militar. Nos domínios senhoriais, eles seriam, por inerência, os próprios donatários. Quando os senhores não tinham a sua residência habitual na terra, o regulamento previa os capitães-mores serem “eleitos nas Câmaras pelos Oficias e pessoas que costumam andar na governação, sendo a isto presente o Corregedor ou Provedor da Comarca (…)”. Foi o que sucedeu em Góis. Na época da publicação do Regimento, era senhor de Góis o conde D. Diogo da Silveira, mas não se tem conhecimento de, quer ele, quer os seus sucessores, tenham exercido esse cargo. O primeiro capitão-mor conhecido é Diogo Belo. Depois, o cargo andaria praticamente sempre na família Barreto.
Diogo Belo* (finais do século XVI) Natural de Alandroal, casado com Catarina Cabral.
António Rodrigues Barreto (?-c.1640) Filho** de Pedro Rodrigues Barreto e Joana Luís, casado com Felicitas Duarte de Figueiredo. Instituiu o morgadio dos Barretos ou de São José, de que é cabeça a capela de S. José, lateral da igreja matriz de Góis.
Alexandre Barreto de Figueiredo Perdigão (1598-1653) Natural de Góis, filho do anterior. Ele e sua mulher, Filipa da Cunha de Figueiredo, também natural de Góis, instituíram o morgadio da Lavra de Góis, onde viveram e construíram o solar com capela (esta já inexistente).
António Barreto de Figueiredo Perdigão (1613-1669) Irmão do anterior, casado com Mariana do Rego Vilas Boas, de Viana do Castelo.
Francisco Cabral Belo Barreto (1617-?) Natural de Góis, familiar dos anteriores, António Rodrigues Barreto (sobrinho pelo lado paterno) e Diogo Belo (bisneto pelo lado materno). Casado com Maria de Castanheda e Moura.
Manuel Baião de Andrade Veio para Góis como procurador do donatário, conde D. José Luís de Lencastre.
António Barreto Perdigão de Vilas Boas (1652-?) Filho do acima António Barreto de Figueiredo Perdigão, casado com Maria Teresa de Brito Barreto, de Pomares. Cavaleiro professo da Ordem de Cristo.
Bernardo Barreto Perdigão de Vilas Boas (?-1751) Filho do anterior, casado com sua sobrinha Vitória Isabel Botelho de Vilas Boas.
José Tavares de Carvalho (?) Julga-se que tenha exercido o cargo durante a menoridade de Francisco Xavier Barreto, que segue.
Francisco Xavier Barreto Botelho Perdigão de Vilas Boas (?-1810?) Filho do anterior Bernardo Barreto, casado com Antónia Luís de Vilhena. Foi juiz ordinário em 1766.
Fernando Barreto Botelho de Vilas Boas (1779-1825) Filho do anterior, legitimado, casado com Maria Cândida Chichorro de Castro e Eça.
Francisco Barreto Botelho Chichorro de Vilas Boas (1815-1869) Filho do anterior, natural de Góis, casado com Gertrudes Magna Garcez. Foi eleito em 1830, posteriormente com alvará assinado por D. Miguel. O batalhão de Góis, sob o seu comando, sediado na Quinta da Capela, teria grande actividade, nomeadamente no período da guerra civil dos anos 40 (Patuleia). Foi o último capitão-mor de Góis.
Em 1834, com a restauração da Guarda Nacional (tinha sido criada pela primeira vez em 1823, mas extinta pouco tempo depois), desapareceriam os capitães-mores.
* Ver sua genealogia em Brasões Inéditos - Suplemento, de José de Sousa Machado, pp. 30 e seg. ** Segundo Mário Paredes Ramos (Arquivo Histórico de Góis, vol. II, p. 256), divergindo de Ângelo Queiroz da Fonseca (Antiguidade, Origem do apelido e Armas da Família Figueiredo, p. 34) e de compilação de Nuno Gonçalo Borrego(Cartas de Brasão de Armas, p. 303).