Filho primogénito de Gomes Martins de Lemos e de Mécia Vasques de Goes, de quem herdou o senhorio. Durante o período de Julho de 1448 a Setembro de 1451, a jurisdição do senhorio seria entregue a seu irmão Gomes de Martins de Lemos, por influências deste, movidas junto do rei D. Afonso V. Casou com Leonor da Cunha, filha de Vasco Martins da Cunha, senhor de Lanhoso, de quem teve duas filhas. Foi cavaleiro-mor de D. João I, armado em Ceuta, aquando da sua tomada em 1415. Serviria também os monarcas D. Duarte e D. Afonso V. Teve grande amizade com Nuno Martins da Silveira, figura de prestígio e da Corte, considerado o progenitor da família Silveira que iria marcar posição de relevo na nossa sociedade renascentista. Tinham, no Alentejo, propriedades vizinhas, Fernão de Goes a bela Quinta da Pedra Alçada, Nuno da Silveira a Quinta da Silveira. E ficariam compadres, pelo casamento dos seus filhos, respectivamente, Beatriz Lemos de Goes e Diogo Martins da Silveira. Pela união destas Casas, o senhorio viria a passar para a linhagem Silveira, que seria reforçado por despacho real de 18 de Janeiro de 1459, ao confirmar a a pertença do senhorio em Diogo da Silveira. Fernão Gomes de Goes morre em finais de 1458. É sepultado, a seu pedido, em Vila de Conde, concelho de Carregal do Sal, na Igreja Matriz de São Pedro, monumento nacional, no interior de uma bela capela gótica. A sua arca funerária, profusamente lavrada, é uma obra de valor artístico, que se insere no nosso património de escultura funerária do século XV, com as armas dos senhores Goes nas cabeceiras. Sobre ele, encontra-se a estátua jacente de Fernão de Goes, armado em guerra. A sua figura é lembrada na toponímia de Vila de Conde.